至今，四極質譜儀(yi) 與(yu) 其它質譜儀(yi) 相比較，仍然是應用得廣泛LC/ APIMS儀(yi) 器。單級四極質譜儀(yi) 的主要優(you) 點是相對可靠、優(you) 良的性能價(jia) 格比。適合於(yu) 定性、定量分析。四極質譜儀(yi) 主要缺點是得到的是低分辨質譜，隻有在測定的成分是純的且沒有化學背景雜質與(yu) 之重疊時，才有可能測定準確質量。用單級四極質譜儀(yi) 作定量分析采用選擇離子監測( selected ion monito-ring, SIM)。檢測限取決(jue) 於(yu) 能否將目標化合物與(yu) 樣品中的其它成分(包括背景幹擾)加以區別。雖然單級四極質譜儀(yi) 沒有MS/MS功能，但用源內(nei) CID具有使離子誘導裂解的“準MS/MS"功能。

    如果需要MS/MS功能以進行化合物結構分析或用選擇反應監測(select-ed ion reaction monitoring, SRM)以提高選擇性及定量分析檢測限，應采用三重串聯四極質譜儀(yi) ( triple quadrupole mass spectrometer, TQMS)。 在TQMS中，也是的形式是四極(MS-1) 用於(yu) 前體(ti) 離子選擇，RF-only 四極作為(wei) CID區，後一級四極(MS-2) 分析產(chan) 物離子。至今，用LC/ESIMS進行複雜成分的定量分析時，如藥物代謝動力學研究。

    TQMS具有多種MS/MS功能，除上述產(chan) 物離子掃描外，還有前體(ti) 離子掃描和恒定中性丟(diu) 失掃描。TQMS的CID是低能過程，能量在10-100eV範圍。因為(wei) 低能CID對操作條件較敏感，故不同的儀(yi) 器所得的產(chan) 物離子質譜的.重現性較差。但是，與(yu) 離子質譜儀(yi) 所得的產(chan) 物離子光譜比較，較少發生重排和離子分子反應產(chan) 生的(假象)。